植物の防御システムは PTI (PAMP-triggered immunity) と ETI (effector-triggered immunity) の 2 タイプが知られている。このうち、PTI は病原体や微生物によって誘発される（PAMPs/MAMPs; pathogen/microbe-associated molecular patterns）。PAMP 受容体が刺激を受けると、複雑なカスケード反応により、WRKY ファミリーの転写因子の働きを調節し、防御応答を行う。

WRKY ファミリーの転写因子は冗長性を持ち、A. thaliana では 70 以上報告されている。これらの WRKY ファミリーの転写因子は防御応答反応に対して促進するものもあれば、抑制するものもある。