ハウスキーピング遺伝子は、すべての細胞で発現し、エネルギーの代謝や細胞機能の維持に必要不可欠な遺伝子である。遺伝子発現量解析に関連した様々な生物実験のコントロールとして利用される。代表的なものは GAPDH、β-アクチンやユビキチンなどがある。しかし、実験によってはハウスキーピング遺伝子の性質を熟知した上で選別する必要がある。また、ハウスキーピング遺伝子は、すべての細胞において発現する遺伝子であるが、その発現量が必ずしも等しいわけではない。

ヒトとマウスのハウスキーピング遺伝子は下記の論文にて調べられている。大量なマイクロアレイや超高速シーケンサーのデータを解析することによって、多くのハウスキーピング遺伝が同定されている。しかしながら RT-PCR あるいはそれに同等な手法で検証が行われているものは少ない。